Para el año 1625 España entra en guerra con Inglaterra y Francia, y hay turbulencia en las colonias, pero, al mismo tiempo, se aprovechan los piratas. Un año más tarde, en 1626, es nombrado Temé Muñoz como alguacil mayor de Compostela de Azua, en sustitución del fallecido Francisco García.
En 1636, el arzobispo Francisco Facundo de Torres nombra como cura de Compostela de Azua a Francisco de Almanza, quien estuvo aquí por un tiempo de 26 años, hasta 1662. Durante su ministerio fue que se construyó la primera iglesia de piedra en esta ciudad, entre 1637 y 1640; pero ya en 1641 fue saqueada por una incursión corsaria. Un poco más tarde, un terremoto la destruyó completamente.
En 1637 es nombrado gobernador de la isla Juan Bitrian de Beamonte, quien tendría una fuerte lucha con los corsarios y piratas de la época.
Para 1640 las autoridades de Azua eran las siguientes: Alférez Real Francisco Sánchez Montaño y Juan Rodríguez, alcaldes ordinarios; Temé Muñoz, alguacil mayor; Alonso de la Cueva y Pedro Salvador de Espinosa, regidores. El escribano era Baltasar de León. Para 1655 el escribano de Azua era Francisco Carvajal.
Debido a las incursiones corsarias, el gobernador Bitrian decreta, el 11 de octubre de ese año. Que el capitán Rodrigo Pimentel abra y limpie de bandoleros los caminos de Azua, para el libre paso de los víveres y ganado.
Vista la efectividad del capitán Pimentel, y controlada ya la situación de Azua, el gobernador Bitrian lo envía, en enero de 1644, a desalojar a los ingleses de Samaná. Pero cuando llega, allí no hay nadie. Todos los intrusos la abandonaron antes de que llegaran los españoles.
Esta acción del gobierno de la isla, como ha de suponerse, dejó sin protección a Compostela de Azua. Por eso, a mediados de febrero se aprovecharon los piratas y saquearon la zona. Se llevaron consigo entre 8 y 15 mujeres, las luego que dejaron en tierra, porque nadie fue en su rescate. Entonces Rodrigo Pimentel fue enviado de nuevo a la zona de azua, para que castigara los saqueadores.
Bitrian de Beamontés no puede enfrentar la situación y cesa en sus funciones en 1645, es nombrado en su lugar Nicolás Belasco Altamirano, quien duro en el cargo hasta el 1969. Desde el mismo año en el que lleno el nuevo gobernador, los moradores de Compostela de Azua le pidieron más protección, debido a los problemas que habían pasado. Estos tenían miedo de que los piratas les raptaran a sus mujeres.
En 1649 norman como gobernador de la isla a Juan Ponce de León, quien duro hasta 1650. En ese año, se reitera la preocupación de los vecinos de Compostela de Azua. Piden ahora al gobernador que les autorice los medios para mudar la ciudad para u lugar mas seguro según Frey Ciprian de Utrera, en 1650, Azua, era un pobladito pobre de apenas 30 casitas cobijadas de paja, y una iglesia.
